Распространение антибиотикоустойчивых штаммов Klebsiella pneumoniae в современных условиях

Анализ 46 тысяч геномов Klebsiella pneumoniae позволил выявить тенденции распространения генов антибиотикорезистентности и формирования штаммов, сочетающих множественную лекарственную устойчивость с гипервирулентным генотипом.

Klebsiella pneumoniae – широко распространенная среди здоровых носителей условно-патогенная бактерия, при этом способная вызвать тяжелые внутрибольничные инфекции. 

Сотрудниками лаборатории инновационных методов микробиологического мониторинга НЦМУ «Центр персонализированной медицины», совместно с коллегами из СЗГМУ им. И. И. Мечникова был проведен анализ всех последовательностей геномов Klebsiella pneumoniae, доступных в NCBI GenBank. Исследование было направлено на генетическое типирование и поиск генов антибиотикорезистентности и детерминант вирулентности в штаммах клебсиелл, выделенных из различных регионов мира за последние 20 лет.

Анализ продемонстрировал стремительное увеличение доли штаммов, несущих наиболее значимые гены резистентности к антибактериальным препаратам последней линии терапии – карбопенемам. В частности, рассматривалась частота выявления генов Нью-Дели металло-бета-лактамаз (NDM).

Наиболее выраженный темп прироста штаммов, несущих NDM, отмечается в период пандемии COVID-19: с 17 % в 2020 г. до 30 % в 2021 г. и 38 % в 2022 г. В этот же период отмечается выраженное увеличение количества гипервирулентных штаммов клебсиелл со множественной лекарственной устойчивостью, в том числе среди циркулирующих в России штаммов.

В результате анализа удалось также определить географические особенности распространения основных генетических линий возбудителя. Характерным для России оказался 395 сиквенстип, на долю которого приходиться треть всех сиквенстипов. При этом в других регионах мира клебсиеллы этой генетической линии встречаются значительно реже.

Анализ геномов эпидемиологически значимых возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, позволяет выявить закономерности распространения антибиотикорезистентности и совершенствовать подходы по ее сдерживанию.
02.05.2023